1991
Il entame des études de droit à l'Université du Burundi, située à Bujumbura.
1995
  • À la suite de massacres d'étudiants perpétrés à l'Université du Burundi, il interrompt ses études universitaires et rejoint le maquis au sein de la rébellion du Conseil national pour la défense de la démocratie-Forces de défense de la démocratie (CNDD-FDD).
  • Il gravit les échelons du mouvement rebelle pendant la guerre civile, dirigeant ses activités militaires et les milices, ce qui lui vaut le surnom de "Neva".
2003
À la suite des accords de paix, le CNDD-FDD renonce à la lutte armée. Il intègre le processus de transition politique et militaire.
2005
Après la prise de pouvoir du CNDD-FDD par les urnes, il est nommé chef d'état-major adjoint des nouvelles Forces de défense nationale (FDN) avec le rang de général.
2006
Il est nommé ministre de l'Intérieur et de la Sécurité publique le 17 mars sous la présidence de Pierre Nkurunziza.
2007
Il quitte ses fonctions ministérielles le 14 novembre pour devenir par la suite chef du cabinet militaire du Président de la République.
2009
Il prend la présidence du Comité national olympique du Burundi (un poste qu'il occupera pendant huit ans, jusqu'en 2017).
2014
Il est nommé chef de cabinet civil du Président de la République. En parallèle de ses fonctions, il étudie et obtient un diplôme de la Wisdom University of Africa.
2016
Il est élu Secrétaire général du parti au pouvoir, le CNDD-FDD, le 20 août, remplaçant Pascal Nyabenda. Il y adopte une posture jugée plus conciliante envers la communauté internationale.
2020
  • Il est officiellement désigné le 26 janvier comme le candidat du parti CNDD-FDD pour l'élection présidentielle de la même année.
  • Le 20 mai, il remporte l'élection présidentielle au premier tour avec plus de 68 % des voix, lors d'un scrutin marqué par un fort taux de participation mais aussi des interrogations de l'opposition.
  • Le 8 juin, le président sortant Pierre Nkurunziza décède subitement (probablement des suites de la Covid-19).
  • La Cour constitutionnelle anticipe la passation de pouvoir. Évariste Ndayishimiye prête serment et est investi Président de la République du Burundi le 18 juin à Gitega.
2022
Il est désigné par ses pairs africains comme « Champion de l'Agenda Jeunes, Paix et Sécurité » de l'Union africaine en reconnaissance de ses efforts pour l'inclusion de la jeunesse.
2023
En mars, il multiplie les prises de parole pour encourager la diaspora et la jeunesse à s'impliquer dans le maintien de la paix et le développement économique du pays.
2024
  • Il plaide publiquement pour l'ouverture économique du Burundi et encourage les investissements privés et étrangers, notamment pour développer le tourisme.
  • En août, Amnesty International et d'autres organisations publient un rapport dressant un bilan critique de ses quatre premières années de mandat, pointant une poursuite de la répression de l'espace civique.
2025
Le 17 juillet, l'Union africaine le désigne comme envoyé spécial dans la région du Sahel.
2026
  • Le 13 février, il s'entretient en marge du sommet de l'Union africaine à Addis-Abeba avec de hauts responsables, dont le Secrétaire général des Nations Unies, António Guterres, pour aborder la paix, la sécurité et l'intégration continentale.
  • Président de l'Union Africaine depuis le 14 février