Le camp du non avait trouvé son argument le plus efficace dans la mémoire des Estoniens eux-mêmes. Rejoindre l'Union européenne, répétaient ses partisans, ce serait échanger une union contre une autre, troquer Moscou pour Bruxelles, renoncer à peine douze ans après l'avoir reconquise à une souveraineté payée au prix fort. Le 14 septembre 2003, les électeurs de la petite république balte écartèrent cette crainte. Ils dirent oui à l'adhésion, à une majorité nette, et refermèrent le débat qui avait agité le pays tout l'été.
Le résultat donnait 66,83 % de oui, soit 369 657 voix, contre 33,17 % de non, 183 454 bulletins. La participation atteignait 64,06 %. Le même vote emportait une modification de la Constitution, rendue nécessaire pour permettre le transfert de compétences vers les institutions européennes. Les Estoniens ne se contentaient pas d'approuver un traité : ils réécrivaient leur loi fondamentale pour y faire entrer l'Europe. Le 1er mai 2004, huit mois plus tard, l'Estonie devenait membre de l'Union européenne, dans la grande vague d'élargissement qui fit passer le club de quinze à vingt-cinq États.
L'enjeu, pour ce pays de moins d'un million et demi d'habitants, dépassait de loin les considérations économiques mises en avant durant la campagne. Redevenue indépendante en 1991, après un demi-siècle d'occupation soviétique, l'Estonie avait bâti à marche forcée une économie de marché, une démocratie parlementaire et une administration réputée pour son avance numérique. L'adhésion à l'Union scellait une orientation stratégique irréversible : l'ancrage définitif à l'Ouest, la garantie de ne jamais retomber dans l'orbite russe. Le débat sur l'Europe était, au fond, un débat sur la sécurité et sur l'identité d'une nation qui avait failli disparaître de la carte.
Presque toute la classe politique soutenait le oui. Le président Arnold Rüütel, le Premier ministre Juhan Parts, la présidente du Parlement Ene Ergma menèrent campagne sans relâche, d'autant que les premiers sondages du printemps 2003 avaient laissé paraître une adhésion tiède, entamée par les inquiétudes sur la hausse des prix et la perte d'autonomie. Le Parti du centre, l'une des principales formations du pays, se montra pour sa part réservé, incarnant les doutes d'une partie de l'électorat rural et russophone. À mesure que la date approchait, et que les voisins baltes votaient à leur tour, le soutien se raffermit jusqu'au score final.
Car l'Estonie n'avançait pas seule. Elle appartenait à un trio balte qui se dirigeait d'un même pas vers Bruxelles. La Lituanie avait organisé son référendum au printemps 2003, la Lettonie une semaine à peine avant l'Estonie. Les trois pays, marqués par la même histoire d'annexion et de résistance, faisaient le même choix à quelques mois d'intervalle, comme pour verrouiller ensemble une porte que l'Histoire avait trop souvent laissée ouverte aux invasions. L'adhésion à l'Union se doublait d'ailleurs, la même année, de l'entrée dans l'Alliance atlantique, l'autre pilier de la nouvelle sécurité balte.
L'intégration ne s'arrêta pas au drapeau étoilé. En 2011, l'Estonie adoptait l'euro, devenant le premier des trois États baltes à rejoindre la monnaie unique. Le pays qui avait craint de perdre sa souveraineté en entrant dans l'Union en fit au contraire un tremplin, transformant sa taille modeste en atout d'agilité, cultivant son image de laboratoire numérique de l'Europe, exportant son modèle d'administration en ligne bien au-delà de ses frontières.
Vingt-trois ans après ce référendum, un signe résume le chemin parcouru : la diplomatie de l'Union européenne est aujourd'hui dirigée par une Estonienne. Depuis décembre 2024, Kaja Kallas occupe le poste de Haute Représentante pour les affaires étrangères et la politique de sécurité, et de vice-présidente de la Commission européenne. Ancienne Première ministre de son pays, elle est la fille de Siim Kallas, l'un des artisans de l'indépendance estonienne devenu commissaire européen. La famille qui avait accompagné la renaissance du pays au début des années 1990 se retrouve, une génération plus tard, à la table où se décide la voix de l'Europe dans le monde.
À Tallinn, où le gouvernement est aujourd'hui conduit par Kristen Michal, l'un des visages de cette Estonie numérique et résolument européenne, le oui de 2003 n'est plus un sujet de controverse. La ligne de sécurité tracée par les urnes ce jour-là paraît, à l'heure des tensions à la frontière orientale de l'Union, plus justifiée que jamais aux yeux des Estoniens. L'argument du camp du non, celui d'une union qui en remplacerait une autre, a été retourné par l'Histoire. L'Estonie n'a pas échangé un maître contre un autre. Elle a choisi le camp où l'on décide, plutôt que celui où l'on subit. Et une de ses filles y parle désormais au nom de tout un continent.